يعود تاريخ العلاقات المصرية اليابانية إلى القرن التاسع عشر. وقد تأسست العلاقات المصرية اليابانية الحديثة عام 1922، عندما اعترفت اليابان باستقلال مصر. ومنذ ذلك الحين، ثمة علاقات ودية تمثلت في العديد من الزيارات التي يقوم بها كبار الدبلوماسيين من البلدين.